در نشخوارکنندگان (به‌ویژه گاوهای شیرده) تغذیه شده با خوراک آلوده به AFB1 مشکلات سلامتی از قبیل سرطان کبد، تضعیف سیستم ایمنی، ناهنجاری‌های تولیدمثلی، ناقص‌الخلقه‌زایی، کاهش مصرف خوراک و تولید شیر بروز می‌کند (مورگاوی و همکاران، 2008). شدت بروز سمیت و بیماری ناشی از آفلاتوکسین‌ها به مقادیر سم، مدت تغذیه و وجود دیگر تنش های متاثر کننده‌ی حیوان بستگی دارد. با این وجود تشخیص بیماری‌های ناشی از مایکوتوکسین‌ها و به‌ویژه آفلاتوکسیکوزیس به‌دلیل نداشتن علائم اختصاصی، مشکلات و هزینه‌های خاص نمونه گیری و آنالیز خوراک و برهم کنش با دیگر فاکتورهای تنش، مشکل می‌باشد.
آفلاتوكسين در نشخواركنندگاني مثل گاو و گوساله باعث كوري، راه رفتن چرخشي و دايره وار، دندان قروچه، دهان كف آلود، التهاب قرنيه و پلك چشم، بيقراري، راه رفتن روي مفصل خرگوشي، اسهال، سقط جنين، تشنج و به دنبال آن زمين‌گير شدن و در نهايت باعث مرگ می‌شود و از علائم كالبد شكافي می‌توان به افزايش آنزیم‌های كبدي اشاره كرد. علاوه بر اينها به نظر می‌رسد كه آفلاتوكسيكوزيس رابطه اي با ايجاد لخته‌های خوني (كه در اثر اختلال در سيستم انعقادي كبد است) دارد. در گاو تغذیه بلندمدت مقادير بيشتر از ۱۰۰ قسمت در بيليون AFB1 می‌تواند موجب علائمی چون كاهش اشتها، كاهش وزن بدن، كاهش توليد شير و اسهال گردد (مورگاوی و همکاران، 2008).
هرچند گوسفند نسبت به ساير نشخواركنندگان مقاوم‌تر است ولي در مسموميت با آفلاتوكسين تلفات سنگيني در گله رخ می‌دهد و علائمي نظيرتشنج، لنگش، زمين گيري، كاهش اشتها و در نهايت مرگ و مير ديده می‌شود. در يك آزمايش تجويز ۴ قسمت در ميليون آفلاتوكسين در جيره گوسفند موجب مرگ حيوان در اثر نارسايي كبد در عرض 18-15 ساعت گردید. اگر اين مقدار به ۲ قسمت در ميليون كاهش يابد علائمي چون تنگي نفس، تب، اسهال همراه با خون در دام بروز می‌کند (هاروی و همکاران، a1991؛ ناگشوارا رائو و چاپرا، 2001).
در نشخوارکنندگان و به‌ویژه در گاوهای شیری، تخمیر شکمبه می‌تواند علائم مسمومیت آفلاتوکسین‌ها را تا حد زیادی تغییر دهد. از‌آنجا که آفلاتوکسین‌ها می‌توانند اثرات ضد میکروبی (تخریب میکروب و یا ممانعت و کاهش رشد آن‌ها) داشته باشند، ممکن است باعث تداخل در عمل شکمبه و ایجاد مشکلاتی در نشخوارکنندگان گردند که در دیگر حیوانات رخ نمی‌دهد. آفلاتوکسین‌ها می‌توانند موجب تغییر جمعیت‌های میکروبی شکمبه، تغییر نسبت‌های محصولات نهایی هضم و مختل شدن شکمبه گردیده و درنتیجه هضم، مصرف خوراک و در‌نهایت تولید را مختل نمایند (مرتنز، 1979).
فِهِر و دِلاگ(1970) مشاهده کردند که مقادیر آفلاتوکسین بالاتر از 0/2 میکروگرم در میلی‌لیتر در سیستم شکمبه مصنوعی باعث کاهش هضم سلولز، کاهش تولید اسیدهای چرب فرار و کاهش تولید آمونیاک شد. همچنین نسبت اسیدهای چرب فرار تغییر کرد، بگونه ای که استات کاهش و پروپیونات و بوتیرات افزایش یافتند. اما نسبت والرات تغییری نکرد. دِووراک و همکاران (1977) نیز با انجام آزمایشی در شرایط درون‌تنی مشاهده کردند که یک بار تزریق 200 میلی‌گرم AFB1 و 80 میلی‌گرم AFB2 به داخل فیستولای یک گاو موجب کاهش نسبت استات، افزایش بوتیرات و نسبت‌های متغیری از پروپیونات گردید. تغییر در نسبت و غلظت اسیدهای چرب فرار مشاهده شده در سیستم‌های درون‌تنی و برون‌تنی، پیشنهاد می‌کند که احتمالا جمعیت‌های میکروبی توسط آفلاتوکسین تغییر کرده‌اند.
با این وجود پِترسون و کِسلینگ (1976) تفاوتی در ناپدید شدن ماده خشک علوفه هنگامی‌که 0/2 و 1/4 میکروگرم آفلاتوکسین به ازای میلی‌لیتر مایع کشت اضافه شد را مشاهده نکردند.ماتِر و همکاران (1976) مشاهده کردند که آفلاتوکسین باعث مهار کشت‌های خالص استرپتوکوکوس بویس و مخلوط باکتری‌های شکمبه می‌گردد، اگرچه که مقدار مصرفی AFB1 در این آزمایش (50 و 75 میکروگرم در میلی‌لیتر)، بسیار بیشتر از مقادیر مشاهده شده و مورد انتظار در شکمبه حیوانات تغذیه شده با AFB1 می‌باشد. با اینکه ماتِر و همکاران (1976) از مقادیر بالای AFB1 جهت مشاهده تاثیر آن بر میکروارگانیسم‌ها استفاده کردند، دیگر محققان ممانعت از رشد میکروارگانیسم‌ها در مقادیر بسیار کمتر را نیز مشاهده کرده‌اند.
بورمیستر و هسلتاین (1966) از عصاره خام آفلاتوکسین شامل 36 درصد کل آفلاتوکسین و 24 درصد AFB1 استفاده کردند و حساسیت باکتری‌ها را تعیین کردند. نتایج بدست آمده نشان داد که از 329 میکروارگانیسم آزمایش شده، رشد 12 گونه از باسیلوس‌ها، یک گونه از کلستریدیوم و یک گونه از استرپتومایسس محدود شد. نتایج دیگر آزمایشات ثابت کرد که AFB1 عامل اصلی تاثیرات ضد میکروبی مشاهده شده بود. با فرض اینکه AFB1 عامل اصلی اثرات ضدمیکروبی در عصاره‌های خام آفلاتوکسین باشد، بورمیستر و هسلتاین (1966) ممانعت از رشد میکروارگانیسم‌ها را با 7-8 میکروگرم AFB1 بر میلی‌لیتر، مشاهده کردند.
در نتیجه:
از‌آنجا که نشان داده شده که چندین گونه باکتریایی با غلظت‌های کمتر از 10 میکروگرم AFB1 بر میلی‌لیتر، به‌صورت کامل ممانعت می‌شوند، منطقی خواهد بود اگر فرض کنیم که رشد و فعالیت میکروارگانیسم‌های شکمبه می‌تواند با مقادیر آفلاتوکسین مشاهده شده به‌صورت معمول در مزرعه، مختل گردد (مرتنز، 1979). بنابراین از‌آنجا که آفلاتوکسین‌ها می‌توانند اثرات ضد میکروبی (تخریب میکروب و یا ممانعت و کاهش رشد آن‌ها) داشته باشند، ممکن است باعث تغییر نسبت‌های محصولات نهایی هضم و مختل شدن شکمبه گردیده و درنتیجه هضم، مصرف خوراک و در‌نهایت تولید حیوان را مختل نمایند (مرتنز، 1979).
